В середине 90-х муж Балтер актер Эммануил Виторган был на грани между жизнью и смертью – врачи подозревали у него рак. Балтер боролась за жизнь мужа со всей неистовостью влюбленной женщины. И болезнь отступила. Но спустя три года заболела сама Балтер – у нее обнаружили рак позвоночника. Теперь уже Виторган положил все свои силы на борьбу за здоровье своей дражайшей половины. Но на этот раз чуда не произошло.

Тяжелая болезнь начала проявлять себя в самом конце 90-х. В 1998 году Балтер положили в больницу, где ей сделали операцию. Ни о каком раке тогда и речи не шло – врачи подозревали другую болезнь. В течение года Балтер работала, но в декабре 1999 года ей опять пришлось лечь под нож хирурга. Здесь уже стало ясно, что это рак, но надежду не терял никто: ни сама актриса, ни врачи. Да и как можно было думать иначе, когда 27 декабря Балтер пришла в Театр Маяковского, чтобы присутствовать на 60-летии своего мужа. Причем лихо отплясывала там «чучу». И это после сложнейшей операции!

В марте 2000 года на спектакле «Цветок смеющийся» произошло вроде бы досадное недоразумение: каблук Балтер попал в щель сцены. Актриса почувствовала резкую боль, из-за чего не смогла выйти на поклоны. Через три дня ее положили в Онкологический центр на Каширке, сделали очередную, уже третью по счету операцию. Но к тому моменту надежд уже не осталось – метастазы пошли по всему телу. После того, как у Балтер отказали ноги, последние свои дни она провела на Каширке.

Рассказывает Л. Левина: «Актеры сами ее навещали и не могли поверить: разве Аллочка больна? Перед ними была, как всегда, ухоженная, невероятно привлекательная Аллочка. Она шутила, смеялась, выпивала самую чуточку вина за компанию. Вот только одно ее огорчало – абсолютная неподвижность ног. Таня Орлова рассказывала, как волновалась Аллочка: „Неужели я останусь такой на всю жизнь?" Она лежала в палате, кажется, на самом последнем, 18-м этаже, и перед нею как на ладони расстилалась вся Москва. Был май, море зелени, голубое небо – и никакой надежды. Аллочка медленно угасала. Врачи поставили страшный диагноз: рак позвоночника».

В это никто не хотел верить – ни муж, который сделал все, чтобы спасти Аллочку, разыскал и привез самых лучших врачей, а потом собрал деньги (был организован специальный фонд помощи актрисе Алле Балтер) на операцию в Германии, где лечилась Раиса Горбачева. Ни сын Максим Виторган, который боготворил свою мать, ни сама Аллочка, которая боролась до последнего. Говорят, даже медсестры, привыкшие ко многим трагическим финалам этой страшной болезни, глядя на актрису, плакали. Ее перевезли в подмосковный санаторий, и там началось самое страшное. Татьяна Орлова: «От приезда к приезду по каким-то мелочам стали замечать, что Аллочке становится все хуже и хуже. У нее над кроватью висел такой металлический треугольник, держась за который Аллочка подтягивалась. Она цеплялась за этот треугольник с невероятным упорством, словно за жизнь. И все подтягивалась, подтягивалась… Вначале двумя руками, потом, когда совсем обессилела, одной. Аллочку мучили страшные приступы боли. Ей кололи наркотики, раз от раза увеличивая дозу. Она засыпала. А потом начиналась другая боль, уже от ломки суставов. А она так хотела жить, так хотела играть…»

Вспоминает Э. Виторган: «Ближайшая подруга Аллы мне потом рассказывала, что в больнице Аллочка ей призналась: „Знаешь, я всегда старалась при Эмме быть максимально жизнеспособной. И только когда он уходил, я выла и лезла на стену". Она перенесла жуткие боли. Но мы старались как-то оптимистично на все смотреть и думали, что победим. Даже когда отнялись ноги, думали, что победим. Мы живем на набережной, два окна одной из комнат выходят на Москву-реку, и я уже планировал, как пробью стену и сделаю огромное окно, чтоб она могла на коляске смотреть на воду. Но не получилось…»

А. Балтер скончалась 14 июля 2000 года. Как вспоминает Э. Виторган: «Алла уже не понимала, что происходит. Я ночью вернулся от нее, а утром 13 июля мне позвонили и сказали, что она уходит. Я быстро приехал… и, в общем, уболтал ее. Я ее вернул. Целый день мы были вместе. А в ноль сорок минут, ночью, она умерла у меня на руках…»

17 июля состоялось прощание с актрисой. Впервые за многие годы в Театре имени Маяковского, где покойная проработала 16 лет, гроб актрисы вынесли не в фойе, а установили прямо на сцене. Похороны А. Балтер прошли на Ваганьковском кладбище. Актрису похоронили рядом с могилой Г. Горина. Последним в жизни спектаклем Балтер стала именно горинская «Чума на оба ваших дома».